雖然冷凍庫和冷庫都屬于冷庫范疇，但是，由于兩者在使用性能及設計規范上差別較大，因此，在實際使用過程中，要嚴格按照庫房的設計用途來使用，不得互換使用。否則，不僅會造成冷庫資源的極大浪費。還有可能給儲存物品造成損害。如果確有需要對冷庫的使用用途進行改變時，必須按照新的用途的要求，對庫房的制冷能力、保溫材料、設施設備類型及結構進行全面改造，以滿足新的用途的需要。
冷凍、冷藏物品入庫作業前，除了按照普通倉庫入庫作業所進行的點驗、檢查、抽查等作業之外，還要對送達貨物的溫度及冷凍、冷藏狀況進行測定，同時查驗物品的內部狀態，并進行詳細的記錄；對于已霉變或已腐敗的物品，不得接收人庫；物品入庫前要進行預冷處理。以保證物品或物品單元的溫度能夠均勻地下降到規定的溢度;未經預冷凍結的物品，不得直接進入冷凍庫，以免高溫物品大量吸冷，造成庫內溫度升高而影響庫內其他冷凍物品。
冷凍、冷藏物品搬運作業時要使裝運車輛盡量靠近庫門，以縮短物品露天搬運的距離，防止隔車搬運。應采用推車、叉車、輸送帶等機械進行搬運，同時盡量采取托盤等單元化作業，以加快搬運作業速度。搬運中不得將物品散放在地坪，以避免物品、托盤等沖擊地坪、內墻、冷管等。作業中的起吊機具所起吊的重量，不得超過機具本身所設計的負荷標準。
