由于氣調庫的建筑和設備的特殊性，氣調庫的安全管理也是十分重要的工作。
1.庫房圍護結構的安全管理
氣調庫是一種對氣密性有特殊要求的建筑物，庫內、外溫度的變化以及在氣調設備的運中，都可能引起庫房圍護結構兩側壓差變化。壓差值超過一定限度就會破壞圍護結構。不可因氣調庫設置了安全閥和調氣袋就可以掉以輕心。
2.人身安全管理
要求氣調庫的操作、管理人員一定要掌握安全知識，氣調庫內氣體不能維持人的生命，不可像出人冷藏庫那樣貿然進入氣調庫，必須熟練掌握呼吸裝置的使用。
為了更好地保證人身安全，必須制定下列管理措施以防止發生人身傷亡事故。
①在每扇氣調庫的氣密門上書寫醒目的危險標志：“危險!庫內缺氧，未戴氧氣罩者嚴禁入內!”。封庫后，氣密門及其小門應加鎖，以防止閑雜人員誤人。
②進入氣調庫維修設備或檢查儲藏質量時，需兩人同行，且均戴好呼吸裝置后一人入庫，一人在觀察窗外觀察，嚴禁兩人同時入庫作業。
③至少要準備兩套完好的呼吸裝置，并定期檢查其可靠性。
④開展經常性的安全教育，使所有的操作管理人員樹立強烈的安全意識。
