因為復疊式制冷的蒸發溫度較低，由此產生了一些特殊問題。
在選擇復疊式制冷的循環形式時，需考慮的問題依次是:
(1)可達到的最低溫度可達到的最低溫度應比需要的制冷溫度低10℃左右。
(2)效率由于復疊式制冷的蒸發溫度很低，效率是一個突出的問題，因此，在滿足可達到的最低溫度的條件下，應合理的選擇復疊元數。復疊元數越多，每個部分的效率就越高，但由冷凝蒸發器帶來的傳熱溫差也越多。各部分也應合理的選擇冷凝溫度和蒸發溫度，一般來說，各元制冷系數相等時，系統有最高的制冷系數。
(3)可靠性和變工況特性一般來說，復疊元數越多，可靠性和變工況特性也越差。兩級壓縮系統比單級壓縮系統的可靠性的變工況特性差。
復疊式制冷機啟動時應遵循嚴格的順序進行。由于較低溫度級所用的制冷劑的臨界溫度都較低，在常溫下不可能冷凝;且因活塞式壓縮機的最高工作壓力通常不高于2MPa;應先啟動高溫部分，待中間溫度下降到足以保證較低溫度部分的冷凝壓力不超過1. 6MPa時，再啟動較低溫度部分。如此一部分一部分的啟動，直至最低溫度部分啟動為止。
當復疊式制冷機停止運行后，系統各部分的溫度會逐漸上升，當溫度上升到溫度較低各部分制冷劑臨界溫度時，低溫制冷劑就會全部氣化，而成為蒸汽，此時壓力為臨界壓力。隨著溫度的進一步上升，制冷劑成為過熱蒸汽，壓力也隨溫度上升。由于制冷系統的設備和管路均有一定的極限承壓值，壓力的上升通常會高于此極限。為解決這一問題，可在低溫部分接入一個膨脹容器，隨著壓力的上升，大部分制冷劑進入膨脹容器，經保持系統內壓力不過高。
