風機盤管機組的進水冷水溫度不應低于5℃，否則可能會引起機組凝露。進水熱水溫度不應高于80℃(常用60℃)，否則可能引起換熱器鋼管的腐蝕。
風機盤管運行年久后，其機械性能、電氣性能等技術參數都會出現一定程度下降，同時在長期的抽、回風作用下，風機的翅片、濾塵網積滿了灰塵污垢，影響了水與空氣的熱交換，使空調效果下降。同時還造成換熱效果差、能耗增加。
風機盤管維護保養狀況決定了空調效果。為了保證高效率傳熱，要求盤管的表面保持整潔。但由于風機盤管一般配備的均為粗效過濾器，難免有粉塵、病菌等穿過過濾器而附著在盤管的管道或肋片表面，會使盤管中冷熱水與盤管外流過的空氣之間的熱交換量減少，使盤管的換熱效率下降。如果附著的粉塵很多，甚至將肋片間空氣通道都堵塞，則同時還會減少風機盤管的送風量，使其空調性能進一步降低。另外，長期不清洗的風機盤管會滋生多種病因此，風機盤管應定期清洗，可以清除或減少風機盤管灰塵和細菌，改善空氣質量，降低風阻，恢復熱交換效率和送風量，延長機組使用壽命，降低能耗。
應根據使用情況每年進行1-2次維護保養，但每年不得少于一次。堵塞嚴重時，應采用機組整體拆卸下來清潔和維護保養的方式。必要時更換損壞部件甚至更新風機盤管。
過濾網一般三個月清潔一次，滴水盤一般一年清洗兩次，葉輪、盤管應視葉片翅片間附著的粉塵情況，一年吹吸一次或用水清洗一次，翅片倒伏需要專用翅片齒梳整理。
使用時應確保冷凝水盤無積水，凝結水排放通暢，過濾網無積塵，各風閥的開度在設定位置不偏移，皮帶松緊度合適無明顯磨損，進出水管接頭無泄漏，風機軸承不缺油，溫度控制設定值正常，無異常噪聲和振動。風機盤管不使用時，盤管內要保證充滿水，以減少管道腐蝕。冬季不使用的盤管要采取防凍措施，以免盤管凍裂。
