由于氣調庫的建筑、設備的特殊性，氣調庫的安全管理也是十分重要的工作。
(1)庫房圍護結構的安全管理氣調庫是一種對氣密性有特殊要求的建筑物，庫內外溫度的變化，以及在氣調設備的運行中，都可能引起庫房圍護結構兩側壓差變化。壓差值超過一定限度，就會破壞圍護結構，這點不可因氣調庫設置了安全閥和調氣袋就可以掉以輕心。
(2)人身安全管理要求氣調庫的操作、管理人員，一定要掌握安全知識:氣調庫內氣體不能維持人的生命，不可像出入冷藏庫那樣貿然進入氣調庫;必須熟練掌握呼吸裝置的使用。
為了更好地保證人身安全，必須制訂下列管理措施，以防止發生人身傷亡事故:
1)在每扇氣調庫的氣密門上，書寫醒目的危險標志:“危險—庫內缺氧，未戴氧氣罩者嚴禁入內”。封庫后，氣密門及其小門應加鎖，防止閑雜人員誤入。
2)需進入氣調庫維修設備或檢查貯藏質量時，需兩人同行，均戴好呼吸裝置后，一人入庫，一人在觀察窗外觀察，嚴禁兩人同時入庫作業。
3)至少要準備兩套完好的呼吸裝置，并定期檢查其可靠性。
4)開展經常性的安全教育，使所有的操作管理人員樹立強烈的安全意識。
