制冷系統所承受的力雖然屬于中、低壓范疇，但有些制冷劑具有毒性、窒息、易燃的特點，給系統的安全操作帶來了嚴格的要求。為了確保制冷系統的運行安全，不僅要做到正確設計、正確選材、精心制造和檢驗，而且還必須做到正確的使用和操作。
為了保障職工在生產中的安全和健康，確保制冷系統的安全運行，有關部門頒布了法令和規程。例如：由于制冷系統的壓力容器(包括儲液器、冷凝器、蒸發器、鋼瓶等)是有爆炸性危險的承壓設備，它的質量優劣直接關系到生產和人身安全。因此，對壓力容器的設計、制造、檢驗、使用、維修等方面，我國有關部門規定了許可證制度。制冷系統所用的各種壓力容器、設備和輔助設備不得采用非專業廠的產品或自行制造。
在生產運行中，為了嚴格控制壓力、溫度等工藝參數，就必須設置壓力表、溫度計、流量計等測量儀表，以便隨時掌握上述參數的量值及其變化情況，及時采取措施加以調整。為了防止各種難以預料的情況造成超壓運行，危及設備的安全，應在制冷系統的設備上設置安全閥、高壓和低壓保護裝置。
國家有關安全生產的方針，在冷庫的實際生產中起到了良好的保證作用。但是，制冷系統的重大事故仍時有發生。生產實踐的經驗使人們認識到：制冷系統必須有完善的安全設備，所有制造材料的質量和機械強度，必須符合國家的有關技術標準。同時，正確地使用和操作，對保證制冷系統的運行安全是至關重要的。特別要求操作人員對每項工作都要極端地負責，要嚴格執行安全技術規程和崗位責任制，才能防患于未然。
