目前凍干機中使用的加熱方式有如下幾種。
①擱板接觸供熱：溶液類制品凍結后形成的冰塊導熱性能好，采用擱板，玻璃瓶壁到制品的接觸供熱效果好；擱板用循環介質間接加熱，其板溫均勻，所以廣泛用于醫藥凍干機和溶液類食品凍干機。
②加熱板輻射供熱：固態食品切分后分裝于托盤中是一種松散堆砌物，在真空下其導熱性能差，所以常用輻射加熱。
此外也有用空氣對流供熱（多歧管式凍干機）或燈泡輻射加熱
（小型標本凍干機）的。
排除干燥所產生的水蒸氣、維持低壓真空的方法有如下幾種。
①化學方法：用P2O5、無水氯化鈣等吸附水蒸氣。
②物理方法：
a.用低溫冷凝水蒸氣十真空泵抽除在該溫度下不能凝結的氣體，這是目前絕大部分生產用凍干機中使用的方法。
b.用多級噴射泵直接將水蒸氣和不能凝結的氣體抽出，排至環境中。
