批次式凍干機與連續型凍干機的設計和操作有如下一些不同之處。
①連續式凍干機的托盤是一盤一盤地送人凍干箱（侖）的，而批次式凍干機則是用吊籠（或小車）一次就將干燥室裝滿。因此前者的凍結設備可不設儲藏間，包裝間也可不設暫存間，而后者應設儲藏間以均衡凍結庫的負荷，包裝間亦應設暫存間以均衡包裝間的負荷。
②在凍干過程中，連續式的托盤是從入口緩慢移動引到出
口，而批次式的托盤始終是不動的。因此為了滿足凍干曲線的要求，連續式的加熱板溫度是按凍干過程要求的溫度布置的，在干燥室中的不同位置的加熱板有不同的溫度。而批次式的加熱板在同一時刻所有加熱板溫度是相同的，但在凍干全過程中的各時刻加熱板的溫度是不相同的。
③為了均衡全廠后處理和預凍工序的工作負荷，一般批次式凍干廠應采用兩個以上干燥艙錯開生產，這樣可以提高設備利用率和生產效率。
