冷鏈物流不同于普通物流，其硬件水平和貨物運作要求較普通貨物具有較強的剛性要求，對于信息化的配置和運營人員的管理水平、應急處理能力都有較高的要求。我國整體物流信息化水平較低，而冷鏈運輸行業的信息化現狀更是不容樂觀。運營人員大多數是從普通物流轉變而來，不僅對產品特性不熟悉，而且對于冷鏈物流的運營要求掌握程度更低。
目前，訓練有素的冷藏物流供應鏈管理和操作人員嚴重缺乏，先進的全程冷藏控溫運行管理制度尚未建立，導致各個環節信息阻塞，冷凍類產品在運輸途中風險增多。庫內碼垛搬運主要靠人力，勞動強度大，工作效率低。
國外冷凍食品多為小包裝食品，規格整齊，庫內碼垛搬運全部機械化，絕大部分貨物放置在帶框架或不帶框架的標準托盤上，用電瓶叉車運輸或提貨。
有的庫房還設置固定的或可移動的鋼制貨架以堆放托盤，也有少數庫內用吊車吊裝堆放集裝箱或用電子計算機控制進出貨的巷道運輸機把貨物放到固定貨架上，房屋高度可達16米以上，庫內基本上不需要工人進去，每小時可進出貨物數十噸。在這一方面國內相對差很多。物流業整體管理水平不高，不同程度地存在市場定位不準確、服務產品不合格、內部結構不合理及運作經營不規范等問題，影響冷鏈物流業的健康發展。
由于缺乏對冷鏈物流的正確認識以及降低成本的考慮，冷鏈中經常出現“斷鏈”現象。例如，從農場到批發市場，新鮮果蔬通常未能做到預冷處理；在初級加工和分揀區沒有低溫制冷環境；通常一臺標準冷凍車，經過規定時間之后就必須進行一次大修，不少企業為了避免大修和減少油耗，選擇了
“偷工”，貨車從起點出發后，只有一頭一尾的冷機是開啟的，中間則被關閉，這樣的運輸顯然不能保證所運輸貨物的溫度環境。
